Посерфил по форуму, но похожей проблемы не встретил. А именно:
В верхней панели (Файл  Правка  Вид Журнал ...) выбираем "Закладки", в самом низу списка есть пункт: "Hide this menu". После его нажатия, раздел "Закладки" пропадает из верхнего меню, насовсем.

Я так и не нашел, как его вернуть. Баг (фича, опция, как хотите называйте) замечен на всех трех компах за которыми я работал (и работаю). Причем замечено только в 3 версии FF.
(Первый раз я "потерял" закладки еще в 3.0 RC 1, потом в 3.0.1, а теперь вот и в 3.0.3)
Подчеркиваю, что сами закладки никуда не пропали. Т.е., например, нажав ctrl+I я получаю доступ к ним в открывающейся слева панели (да и в самом профиле все bookmarks'ы на месте), пропал именно пункт меню "Закладки".

p.s. Вчера рассказал проблему товарищу, говорит у него нету такого: "Hide this menu"  о_О. Пришел домой, соседу говорю, глянь у себя. Нажимает "Закладки", смотрим — нету. Повторяет процедуру, смотрим опять — внизу "Hide this menu"! о_О   Как это понимать — не знаю. Возможно это приблуда какого-то плагина. (Но ладно бы я на одном компе эту фичу встретил, но первый раз она была на свежем ff 3.0 RC 1!)
Нид хелп.