Нужно распределить группы команд, перед выполнением которых требуется пауза по функциям и вызывать их через window.setTimeout(f,n). Скорее всего, иного варианта нет (ну, может, где-нибудь в xpcom есть какой-нибудь спецметод; вроде не попадался такой).