Нужно сделать паузу во время работы расширения, между выполнениями команд, но соответствующей функции я не нашёл ни в справочнике Java, ни на форуме поиском.
может кто-нибудь знает?

Нужно распределить группы команд, перед выполнением которых требуется пауза по функциям и вызывать их через window.setTimeout(f,n). Скорее всего, иного варианта нет (ну, может, где-нибудь в xpcom есть какой-нибудь спецметод; вроде не попадался такой).

справочнике Java

JavaScript!!!
ищи:
setTimeOut() в справочнике, это повторение функции через некоторый интервал времени.