По умолчанию стоит очень маленький лимит в настройках (по современным то меркам), по моему в 20 МБ, потому может очень часто на это "отвлекаться".

Зайдите в настройки - Дополнительные - Сеть и дисковое пространство
и увеличьте там предел.
Я у коллег (который сами не должны и не задумываются об этим) выставляю 200-500 МБ и сжатие происходит не так часто.

Последнее время я вовсе у них отключил это сжатие, диски благо обновлены и контролировать мне всего не больше 10-ти таких мест.
Выбираю время раз 1-3 месяца и провожу плановую проверку обновления, "чистку", архивацию и т.п.

Как мне удалось выяснить, что большинство неисправностей со сжатием папок связано:
1) с антивирусом;
2) с индексацией писем;
3) с поврежденным ящиком;
4) с процессом сжатия.

Решения:
1. Добавить в исключения антивирусной программы папку профиля с ящиками MBOX. Или временно отключить антивирус, чтобы проверить, связно с ним или нет.
2. Удалить .MSF файлы индекса. Они будут воссозданы при первой загрузке TB.
3. Восстановите ящик по инструкции из http://kb.mozillazine.org/Compacting_folders#Real_fix.
4. В крайних случаях, если ничего не помогает, отключите сжатие через скрытые настройки "Настройки> Параметры> Редактор конфигурации", поставьте значение mail.prompt_purge_threshhold = False. В этом случае нужно будет самостоятельно делать сжатие папок, хотя бы раз в месяц "ПКМ > Сжать папку".