Да, можно. Только вначале рекомендуется сделать бэкап всех сообщений. Затем папку профился скопировать в новую выбранную папку. В свойствах учетной записи выбрать "свойства сервера", там внизу есть "локальные папки" - в этом окошке выбрать путь к новой папке. В принципе, можно настроить на одну и ту же папку для Windows и для Linux.

Подскажите, как изменить нахождение профиля только под Linux, что бы сделать ее портативной.