Поправка.
Заголовок срывает и не на outlook. Проверил на машине с ubuntu. Письма написанные в почтовых клиентах с темой в вышеприведенном примере приходят корректно. Письма присланные с такой темой, например, с gmail , на почтовый клиент приходят корректно. Сделал выборку по ошибкам, получается около десяти багов по которым были корявые заголовки в темах писем.
Например аннотации багов:
Во всплывающем тултипе к объекту наблюдаются визуальные артефакты.
Не работает удаление свойства объекта при нажатии "Delete"

также приводят к срыву заголовка письма, всегда. Никакой регулярности и последовательности. Например, в
В инф.портрете не вернуться на статистику исходного объекта
убираю слово исходного, и заголовки становятся нормальные. Однако, если слово исходного использовать в другом предложении, заголовок не сорвет.

Извиняюсь за громоздкое описание, короче не сказать.

Outlook стоит как клиент. Почта падает на Microsoft Exchange Server 2003.
Фрагмент письма с gmail(Только сейчас обратил внимание, что "в кривых заголовках" префикс[bug id] идет по-английски) :
                                                                                                                                                                                                                                                               

...............................
Subject: [Bug
 212]=?UTF-8?Q?=20=D0=92=20=D0=B8=D0=BD=D1=84?=.=?UTF-8?Q?=D0=BF=D0=BE=D1=80=D1=82=D1=80=D0=B5=D1=82=D0=B5=20=D0=BD=D0=B5=20=D0=B2=D0=B5=D1=80=D0=BD=D1=83=D1=82=D1=8C=D1=81=D1=8F=20=D0=BD=D0=B0=20=D1=81=D1=82=D0=B0=D1=82=D0=B8=D1=81=D1=82=D0=B8=D0=BA=D1=83=20=D0=B8=D1=81=D1=85=D0=BE=D0=B4=D0=BD=D0=BE=D0=B3=D0=BE=20=D0=BE=D0=B1=D1=8A=D0=B5=D0=BA=D1=82=D0=B00?=
X-Bugzilla-Reason: CC
X-Bugzilla-Type: changed
X-Bugzilla-Watch-Reason: None
X-Bugzilla-Product: Bugzilla
X-Bugzilla-Component: Bugzilla
................................
Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"
Content-Transfer-Encoding: quoted-printable
MIME-Version: 1.0
Date: Fri, 25 Sep 2009 09:54:35 +0400
...............................

=

Добавлено 25-09-2009 10:57:45
Поднял Sendmail на Linux. (Цель-проверить доставку на почтовые клиенты по SMTP не Microsoft Exchange Server)
Проблема в кодировках решилась.
Плохо то, что вся почта должна идти через Microsoft Exchange Server, никто на мою локальную тему, естественно, не перейдет.

Видимо, Microsoft Exchange Server не справляется, правильно рассуждаю? Или есть вариант, что Bugzilla косячит периодически в формировании письма?

А изнутри Outlook заголовок также выглядит?

Судя по всему, его колбасит на символе ".", который прерывает Quoted-Printable.  В тестовых письмах с той же темой с других клиентов -- она закодирована?

Проблема не на стороне Bugzilla. Точнее, приведен ряд доказательств выше, что не может быть баг на стороне Bugzilla. C трех разных Bugzilla письма приходили в unicode.

Однозначно сказать, что проблема на стороне Microsoft Exchange Server нельзя. Не нашли, что там явно влияет.

Решение
с Sendmail сервера сделали пересылку писем так, что Microsoft Exchange Server понимает их как принятые из вне.

SnowyOwl, вам спасибо за попытку разобраться.

В самом email_in.pl -- нет.

Очень рекомендую до предела обновить версии модулей Perl, особенно Email::MIME::*

Сам я на Вашем месте попробовал бы пропускать сообщение через formail и, возможно, iconv перед email_in.pl.

Можете подробнее сказать как настроить пропуск через formail или iconv ?
Применительно к bugzilla. Как вообще делается понимание есть.

Не получилось у меня через formail пропустить. Точнее это начало занимать уже слишком много времени.

Пару раз было замечено, что в "сорванных сообщениях", которые должны идти по-русски, подставляется префикс [Bug]. Воспроизвести не получается (получилось тогда, когда постил сообщение на форуме, сейчас в срывах идет префикс по-русски).

В результате :
Ушли на изолированный почтовый сервер под sendmail (наверно, так и надо было сделать сразу)

Эмпирически выяснено, что сочетание эксчэнжа и bugzilla - не лучшее сочетание :)