Уточните, что вы понимаете под "всплывающими окнами"? Есть дочерние окна сайтов, они заблокированы по умолчанию. Можно снять в настройках соответствующую галку, можно прописать сайт в исключения. А еще есть плавающие баннеры, это совсем другой разговор. Вы о чем?

ALE)(
Если имеются в виду хитрые рекламные баннеры, то вот здесь goodlive то же самое спрашивал. Если обычные браузерные окошки с рекламой, то нужно поставить галочку "Настройки → Содержимое → Блокировать всплывающие окна".

можно попробывать замечательный адд-он  Yes popups https://addons.mozilla.org/ru/firefox/addon/1648
реально забыл,что такое нежелательные поп-ап'ы