Проверьте настройку layout.css.visited_links_enabled. Для того, чтобы цвет ссылок изменялся, значение должно быть true. Если вы приведете пример трекера, где не меняется цвет, то это поможет лучше понять проблему.

На rutracker.org цвет ссылок тем меняется, они становятся немного светлей, но не на черный. Если у вас был черный, то это были или дополнения или собственные стили. Лично я на рутрекере никогда не видел черный цвет ссылок тем. Еще можно предположить, что замена цвета посещенных ссылок раньше у вас была задана в настройках. Настройки > Основные > Язык и внешний вид > Цвета. Но думаю, что это не тот случай.