Ну вообще Инструменты => Настройки => Вкладки => Предупреждать при закрытии нескольких вкладок - ставим галочку. Но не факт, что Session Saver не поменяет всё обратно.

[offtop/] А зачем нужно предупреждение, если потом всё восстановится?

В настройках Sessionsaver Avtomatic поставь флажок ..But ask me first (at shutdown) и попробуй. Должен спрашивать перед закрытием куда сохранять (получится что-то оповещения о закрытии) Или посмотри, может расширение для вкладок отключило эту функцию. например TBP