я пока только изучаю вопрос. пипл рекумендует читать http://forums.mozillazine.org/viewtopic.php?t=61284
я еще нарыл http://forums.mozillazine.org/viewtopic.php?p=101298
http://forums.mozillazine.org/viewtopic.php?t=54104
http://forums.mozillazine.org/viewtopic.php?t=10534&highlight=windows+username
- честно - имхо бедняги боятся тронуть что либо без указки разработчика....
я пока практикую отлов локальных установок.
метод - ставим на локальную машину, переносим профиль на сетевой ресурс (диск подключать не обязательно, можно UNC пути прописать ручками в профили), настраиваю профиль под адреса локального pop3 и smtp (это всё урощает, они же уже в свою очередь позаботятся об остальном), далее отловленные настройки из prefs.js перенес в user.js...
метода в следующем - при входе юзера в винду логон скрипт (в моем случае простой bat айл в автозагрузке) проверяет существование на локальной машине файла-флага об установленности thunderbird'a , если его нет - копирует папку  thunderbird'a с установленным профилем, копирует туда же user.js, консольной утилитой подменяю в user.js мыло юзера основываясь на его имени пользователя и всё. при запуске почтовика у юзера у него всё пашет с его адресом.
всё в принципе не так страшно и сложно как долго описывать.
если заинтересует выложу свой user.js с нарытыми настройками.
p.s. thunderbird почти не держит настроек в реестре, но при желании можно и их отловить.

А вы не знаете как просмотреть, что делает инсталятор программы?
Вроде как должен только распаковать программу в %ProgramFiles%\Thunderbird
И создать ярлыки в %ALLUSERSPROFILE%
Или что-то еще он делает?

Итак, что имеем.
Инсталяция программы представляет собой самораспаковывающийся архив с автоматическим запуском setup.exe. Для того чтобы сделать установку автоматом, необходимо распаковать архив и в файле config.ini заменить строку
Run Mode=Normal
на
Run Mode=Silent

Для корпоративной устаноки существует два пути инсталяции программы
1. На рабочие станции
2. На сервер

Для того чтобы разместить профиль пользователя на сетевом диске необходимо создать профиль пользователя на сетевом диске после первого запуска программы

вопрос,
1. как TB работает с большими почтовыми ящиками (около Гигабайта)? Кто наблюдал?
2. если такие большие ящики будут лежать на сервере, каковы будут задержки работы, как он будет гонять их туда-сюда (сервер-клиент), или только по одному письму?

Чего только не хранят ;-)
Некоторые люди даже натыкались на предельный размер папки в Thunderbird ( 2 Гб ) (сам видел баги в Bugzilla). Неужели DVD по почте гоняли :-)
В результате предел увеличили до 4 Гб.

То, что можно насохранять в 2 Гб (для одого ящика), имеется ввиду текст, наверное всей жизни не хватит этому пользователю прочитать, все письма (около 100000)! если конечно не хранить там (как сказали) DVD фильмы!

Как это реализуется с Thundebird я не знаю, но думаю, что это можно реализовать по аналогии с Outlook, т.е. Т.е. для уменьшения нагрузки на сервер (учитывая, что там у тебя ящики огромные), чтобы не гонять всю почту туда сюда, примени синхронизацию. Пользователь при запросе почты получит и отправит  только новые сообщения(после синхронизации) в то время как вся его почта будет оставаться на сервере (если конечно не выставлено значение удаления с сервера после получения)
ссылка

Нет синхронизация это когда на сервер и локальный компьютер загружается не вся почта, а только изменения.

При извлечении сообщений с помощью учетной записи POP3 (Протокол POP3 (Post Office Protocol Version 3 ). Используется для приема сообщений электронной почты с почтового сервера Интернета.) они по умолчанию удаляются с почтового сервера после загрузки на компьютер. Для многих пользователей этот вариант является оптимальным.

Однако, если требуется проверять электронную почту с нескольких компьютеров, то необходимо отключить в программе Outlook удаление сообщений на почтовом сервере.

Почитай, я же дал тебе ссылку в посте 14, может там найдешь ответы!