Не знаю как под Linux, а под Windows установка поверх проходит нормально. За исключением того, что иногда в Установка и удаление программ получается две записи и о старой, и о новой версии.
Ничего страшного нет и в предварительном удалении старой программы. Все данные хранятся в профиле Thunderbird, который не затрагивается при удалении. Если конечно вы не поместили его в папку программы.
При кардинальной смене версии с 1.5 на 2.0 я бы предложил удалить существующую версию и попоставить новую. Если в системе есть ещё какая-то почтовая программа, то до удаления можно назначить её почтовой программой по умолчанию.