Плагины - это модули для отображения объектов веб-страниц, внедренных HTML-тегами <EMBED> или <OBJECT>, а также для обработки файлов, MIME-тип которых неизвестен браузеру. Обычно (но не обязательно) это *.dll или *.so файлы, т. е., native-код.

Расширения - модули, "расширяющие" код браузера: изменяющие поведение каких-то элементов управления, добавляющие новые элементы и т. п.

Темы - модули, предназначенные для изменения оформления интерфейса браузера.

Разница между расширениями и темами невелика, можно, если очень сильно захотеть, написать тему, которая будет являться полноценным расширением, или наоборот.

==> Firefox