Обновился с Thunderbird 2.0.0.24 до Thunderbird 3.0.4
Установил дополнение MinimizeToTray revived.
Теперь через каждые 10 минут (очевидно время проверки наличия новых писем) в трее еще появляется значок нового письма.
Захожу в почту, а новых писем нет. После нажатия получить, значок исчезает.

Фильтров, которые могли бы перемещать письма не стоят.
Производил сжатие папок и переиндексацию, не помогло.
Пробывал MinimizeToTray Plus, не помогло.