При установке некоторых расширений глобально под root'ом в папку программы права на установленые файлы по дефолту 400. В результате возникают проблемы при запуске под обычным юзером. Приходится вручную отлавливать установленые файлы и менять права.

Похоже, что проблема возникает, если расширение упаковывается под Windows. Т. к. я сам собирал некоторые пакеты и с ними такая проблема не возникала.

Похоже, что проблема возникает, если расширение упаковывается под Windows

Очень похоже. Я когда добавляю новые файлы в SeaMonkey tarball в .tar файл под Windows, они  добавляются с правам 777.
Приходится перегружаться в Linux и править права на 644.