В Thunderbird 3.0.6 на нескольких компьютерах в офисе при открытии/сохранении вложений пишет "Файл поврежден или имеет неправильный формат". Замечено с файлами jpg и pdf. Если эти же письма открывать с web-интерфейса mail.ru или при помощи the bat, то вложения нормально открываются. В чем может быть проблема?

Отвечу приминительно к IMAP, думаю, природа проблемы одна. Thunderbird при открытии вложения в письме, пытается открыть то, что уже подгрузилось на локальную машину и рушит дальнейшую загрузку файла(ов). Варианта два: не спешить с открытием (я поставил дополнение которое показывает размер вложений, и когда оно срабатывает, открываю файл), и если вложение уже повреждено, в настройках автономной работы помечаем письмо флагом и указываем скачать письма отмеченные этим самым флагом.

Столкнулся с этой проблемой на IMAP. Поискал поиском так ничего кроме танцев с бубнами не нашел. Проблеме как выяснилось несколько лет, неужели так и не решена. Или я что то пропустил?

Возможно это будет работать если изначально папка с этим сообщением не загружается на локальный комп.

Как вариант, можно включить автоматическую загрузку письма в фоне, поставив true на mail.server.default.autosync_offline_stores

Стоит, не помогает.
Дополню также что это именно по IMAP, по POP всё принимает без ошибок.

Только у меня с этим проблемы?

Такая же проблема в версии 3.1.11. Первый раз сюда зашел, так что буду пробовать советы данные здесь и вот тут:
http://forum.mozilla-russia.org/viewtopic.php?id=16711&p=3