Несмотря на постоянное удаление писем (чистку) Thunderbird, при создании backup данных с помощью MozBackup  файл ".pcv " постоянно увеличивается. Сейчас около 2GB. Где действительно находится почта и как реально очистить Thunderbird?

делай сам переодически сжатие или настрой автоматически

Нечего сжимать в программе 4-5 писем. Откуда берется .pcv 2GB?

Раскрой .pcv и посмотри. По моему .pcv это простой zip-архив.

Вопрос! Как я могу вычистить почту, можно ли стереть файлы в Mail\Local Folders

Можно.

Добрый вечер. Как настроить автоматическое сжатие папок?

Стандартное средство — Инструменты|Настройки…|Дополнительно поставить флажок Сжимать папки, если при этом высвободится ХХ КБ. Плюс к этому можно поиграться указанием размера. Настройка глобальная для всех папок всех учётных записей.
Расширение — Xpunge. Позволяет сжимать выбранные папки выбранных учётных записей по нажатию кнопки на панели инструментов, при запуске или при выходе из Thunderbird, а также делать это периодически с заданным интервалом..