А изменилась ли версия JS которой по умолчанию пользуется браузер?
И если да, то какие нужно в расширении провести изменения, что бы обрабатывался JS так же как в FF2?

синтаксически новая версия js всегда полностью совместима со старой.
но есть много изменений в собственных компонентах и интерфейсах firefox. универсального способа проверки совместимости нет, только тестированием расширения.
информацию обо всех изменениях можно найти в статье Firefox 3 for developers (как только сервер заработает)