собственно вопрос в сабже
я хочу переустановить firefox) ссылки которые в избранном останутся?

Всё хранится в профиле. При переустановке новая версия фф подцепит профиль и всё вместе с ним.

ну или файлик из профиля bookmarks.html если не хочется бэкапить весь профиль или просто перенести избранное

А вообщем профиль по сказке располагается
С:\Documents and Setting\%User%\Application Date\Mozilla\Firefox\Profiles\
А фф в C:\Program Files\Mozilla Firefox
И где бы не стояла новая версия, по умолчанию она подцепит дефолтный профиль.
При деинсталяции фф, профиль не удаляется.

Самый навороченный способ:
1. сохранить куда-нибудь в укромное место bookmarks.html из папки профиля. Например в E:\Mozilla\Firefox
2. создать файл user.js (если нету) в том же укромном месте (так удобнее) и добавить туда строку:

user_pref("browser.bookmarks.file", "E:\\Mozilla\\Firefox\\bookmarks.html");

3. Скопировать user.js в папку профиля.

У меня bookmarks.html лежат на ФАТ32-партиции, которую читают\пишут и винда, и линух. Удобно и надежно

Самый простой способ:
Открываете Менеджер Закладок (Закладки - Упорядочить закладки...)
В нем идете в Файл - Экспорт....