вот пример как это можно сделать:

.fetchmailrc

set postmaster "user"
set bouncemail
set no spambounce
set properties ""

poll pop.mail.ru
    proto pop3
    user "user@mail.ru"
    pass "123456"
    keep
    ssl
    mda /usr/bin/maildrop

далее почту обрабатывает maildrop, пример его настроек:

.mailfilter

HOME=/home/user
DEFAULT="$HOME/Maildir"
FOLDER1="$DEFAULT/.Folder1"
FOLDER2="$DEFAULT/.Folder2"

logfile "$HOME/maildrop.log"

if (/^(To|Cc|Bcc):.*user@work/)
{
  to $FOLDER1
}

if (/^X-Apparently-To:.*blabla-bla/)
{
  xfilter "/usr/local/bin/script"
  to $FOLDER2
}

to $DEFAULT

т.е. тут например если среди получателей есть user@work то сообщение будет помещено в $FOLDER1, т.е. /home/user/Maildir/.Folder1
и дальше если заголовок X-Apparently-To содержит blabla-bla то передать сообщение скрипту xfilter "/usr/local/bin/script" и после класть сообщение в $FOLDER2

[b]/

Спасибо за ответ, конечно смотрел это дополнение до поста на форуме, но оно не умеет подставлять переменные в тех местах где мне нужно, оно может передавать полностью сообщение яве, но запускать каждый раз процесс явы это не вариант для огромного количества сообщений.
По сути мне нужно добавлять Гиперссылки в сообщения, т.е. если в сообщении присутствует запись типа "domain.blablabla.com" то просто хотелось бы заменить или добавить ссылку вида "http://domain.blablabla.com"