MickyMouse, тебе же banbot внятно написал: софтина 32-битная, вся база подсасывается в память.
2 Гб памяти на одно 32-х битное приложение - предел (с оговорками).
Расщепляй mailbox на ДВА файла.
Единственно возможный вариант в твоих условиях.

Инструменты: да хоть тотал командером (он вроде бы умел). Из неприянтостей такого подхода - потеряешь одно сообщение.
Более подробно на http://kb.mozillazine.org/Edit_large_mbox_files

Подготовил несколько багрепортов.
Попытался создать на багзилле:
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=657866

У меня ощущение что я "как-то не так" составил.
Толком не разобрался как пользоваться багзиллой.

Условия наблюдения: win 7 (sp0/sp1) и win xp
Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 6.1; ru; rv:1.9.2.17) Gecko/20110414 Thunderbird/3.1.10

Проявления:

Импорт единственного сообщения в Thunderbird ИЛИ получение единичного сообщения с почтового сервера

Наблюдаем в Thunderbird следующее:
Два сообщения вместо одного.
кривая дата 1970 :( unix zero time + timezone
Отсутствие тела и подписи в одном из сообщений

*Думаю причины таковы:
Кривой парсинг сообщений, несоответствиее импорта стандарту RFC-822 (Headers occur before the message body and are terminated by a null line (i.e., two contiguous CRLFs))

Образец сообщения, вызывающий вышеописаную проблему :
---message.mbox---
[code]From @ Mon Jul 5 10:00:00 2010