Thunderbird работает без нареканий, правда я его пока тоже не обновил до версии 1.0.6. В make.conf нет никаких записей кроме стандартных после установки перла. У меня такое ощущение что он некоректно обрабатывает какое нибудь ява-приложение.

Собирал версии 1.0.3 1.0.4 и вот 1.0.6 и везде одна и та жа проблема. На одном из форумов посоветовали вернуться к версии 1.0.0 там вроде как таких проблем нет, но это не выход из ситуации.