я у себя делаю раз в день так:

# заменяем рисунки в places.sqlite на пустой gif 1x1
# конечно, это dirty-hack, но реально уменьшает размер places.
echo "update moz_annos set content = 'data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAIAAAP///////yH5BAEKAAEALAAAAAABAAEAAAICTAEAOw==' where content like '%base64%' and content like '%image%' ; vacuum; " | sqlite3  places.sqlite

# оптимизируем базы
for i in *.sqlite; do echo "VACUUM;" | sqlite3 $i ; done

Также можно поставить экстеншн SQLite Manager https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/5817  и делать это через него.