Все разобрался, на шлюзе через который я натился стояло pop3 reset, убрал reset все заработало :)

Аналогичная проблема с автором! Уже перепробовал все что только мог. Обратился в техсаппорт майл.ру, но похоже что там сидят не совсем адекватные операторы контак центра. :) Сижу на Ubuntu 8.04 + Thunderbird 2.0.0.17, проблема наблюдается только на майл.ру, рамблер и гмайл работают без проблем.
Письма через майл.ру улетают только так, проблем в этом нет, а вот с получением почты большая проблема, висит сообщениe "Соединено с mail.ru...", дальше ничего не происходит, не спрашивает логин и пароль, и письма не получает.