Да, похоже в фильтрах дело. Если есть хоть какие-то - почта может получаться частично. Лучше убрать все фильтры, потому что после переустановки их опять вскоре начнётся та же бодяга с неполучением...

Подтверждаю данный баг. У меня не приходит примерно 10% писем, остаются на сервере и успешно дополучаются Outlook Express-ом. Закономерности пока не выявил, с одного и того же адреса письмо может Thunderbird может принять, а может оставить на сервере.
Причём письма не от Майкрософта :)))