А как вы определяете "основной" аккаунт? Они же там все равнозначные. Как именно вы его сделали основным?
Под "account1" обычно находится та учётная запись, которую вы вводили первой, т.е. учётка anna, если я правильно понял.

У меня 150+ учёток в portable версии, я давно уже файл prefs.js требушу направо и налево. Это обычный текстовый файл. Откройте и посмотрите на те записи, которые там есть, там всё просто и прозрачно. В частности, вашу проблему можно решить хоть даже в Excel, если не владеете другими языками.
Порядок отображения ящиков записан в "mail.accountmanager.accounts".
Только там не имена ящиков, а их алиасы "account1", "account2" и т.д. Какая почта под каким алиасом скрывается, нужно смотреть в блоке параметров "mail.identity.id1", "mail.identity.id2" и т.д., а соответствие id и account  в параметрах "mail.account.account1.identities", "mail.account.account2.identities" и т.д.
На самом деле ничего страшного там нет, полчаса-час вполне хватит на всё про всё.
PS Не забывайте перед любыми изменениями бэкапить prefs.js, все изменения производить только при закрытой Thunderbird.
PPS Есть ещё такой параметр, как "mail.smtpservers", он вам не нужен.

У меня такая же беда. Если как-то решили эту проблему, поделитесь решением!