Никогда не пробовал, но думаю можно сделать так:
1. Вбить себе, что бэкапить базы надо каждый день - не реже.
2. Скопировать все файлы базы в отдельный каталог
3. Поставить чистую конфигурацию в отдельный каталог
4. Открывать ваши .dbf файлы (Excel'ем или чем-нибудь еще, что открывает .dbf), ... и смотреть что там "не так".
5. Попробовать скопировать "рабочие"(те которые, не вошли в представленный вами список) .dbf, файлы в каталог только что поставленной конфигурации(базы)
6. Дальше, может быть строки копировать из "поврежденных" таблиц в таблицы чистой базы.
Или сделать проще, вот я встречал программы для автоматического восстановления, но пользоваться не доводилось - почти всегда хватало вышеописанного метода. Но все же на всякий случай, как пример http://www.oemailrecovery.com/ru/dbf_recovery.html
p.s. Надеюсь, кто-нибудь предложит что-то более разумное