entail
Найти папки всех профилей и внимательно посмотреть - может и есть там bookmarks.bak может и нет.

В профиле (в каждом, если несколько) файл с закладками bookmarks.html открыть как обычную страницу в браузере - что там видно и в блокноте ещё посмотреть - мало ли, может в html-коде как-нибудь глюкнуло и закладки не видны, но они есть в каком-то виде. Или по весу этого файла понятно пустой он или что - новый несколько кб всего весит.

Если ничего нигде нет, то я бы поработал программой по восстановлению удалённых файлов - GetDataBack мне нравится или другой. Не исключено, что какая-то копия случайно найдётся, хотя и маловероятно. Это канительно, конечно, но шанс есть. Файл может найтись не под своим именем или частично сохранившимся - там не всё очевидно.
Разумеется такие программы лучше запускать сразу после аварии, поскольку сохраняются удалённые файлы до того, пока на это место не запишется другой файл.

Само-собой надо временами делать бэкапы закладок - просто скопировать файл  bookmarks.html в другое место - тогда потерялось бы только самое последнее.

Если ничего хорошего не вышло, сочувствую. Впрочем, нет худа без добра: в букмарках меньше мусора теперь будет...