Marley, попробуйте правой кнопкой на папке, выбрать "Свойства", там выбрать "Починить папку".

Вдобавок, пожалуйста, гляньте, вдруг Вы случайно архивировали письма - в папке учетной записи будет папка "Архив". Если так, то пропавшая корреспонденция с большой долей вероятности будет там.

Marley, а ящик где, на каком сервере? Может, я имею в виду, у почтовика настроен доступ к ящику по IMAP, а какая-то другая программа письма по POP3 забирает, удаляя уже забранное?

Как пример: есть у меня ящик на Google Mail, там настроен сбор писем с mail.ru и yandex.ru, с удалением оригиналов. И выходит такая картина - если настроить почтовик по IMAP (а IMAP настраивается чуть ли не по умолчанию для многих серверов) на мою яндексовую почту, то я мало что получу, потому как все мои яндексовые письма уносятся в Gmail. Вот и у Вас, может быть, кто-то забирает письма?

Больше ничего другого в голову не приходит

Даа, проблема есть, сюда по многочисленным сообщениям но что-то как-то волнует она по всей видимости только тех, кто с ней столкнулся. В дефолтной папке файл global-messages-db.sqlite , в нем сообщения есть. А что сделать то чтобы птица их увидела?