Такой вопрос, есть ли расширения либо какими-то стандартными путями можно настроить фильтр так чтобы он сортировал по папкам не только входящую но и отправленную почту

Фильтры прописываются там же где и для входящей, но автоматом не работают, приходится запускать вручную.

Там при настройке фильтра пишется: для входящих сообщений и т.д.
а где для исходящих? В The BAT'е это было, очень удобно, а тут я что-то разобраться не могу в этом

Меню Инструменты-Фильтры сообщений. В окошке выделяете нужный фильтр (или создаете, если нечего выделять), внизу строка Запустить выбранные фильтр(ы) в папке: выбираете Исходящие, нажимаете кнопку Запустить.