У нас корпоративная почта на Яндексе, пользуются ящиком 2 человека. Письма приходят на клиент Mozilla Thunderbird. И с каких-то пор почему-то письма стали сохраняться только за 2 месяца, на яндекс-почте то же самое. Мы уже проверили у себя настройки в клиенте - везде стоит галочка "Не удалять письма", но почему-то все письма ранее 2 мес удаляются и из клиента, и из ящика. Как это можно исправить? Например, сейчас у меня самые ранние письма - с 12.01.

Смотрите фильтры.

Настройка на POP или IMAP ?
И где сохраняться на яндексе или на локальном ПК где TB?

Если POP то по умолчанию там стоит "хранить копии 30 дней", потом с сервера они удаляются, но на локальном остаются.
Если другое то надо проверять может вы архивируете, тогда они тоже удаляются при переносе.