Собственно скопилось большое количество сертификатов, порядка 1000 и многие устарели, не дают заходить на теже сервера но с новыми сертификатами.
Как можно скобом очистить сертификаты чтобы остались нужные корневые и при этом не пересоздавать профиль?

Удаляете cert8.db,  secmod.db и cert_override.txt в профиле.