Если iframe находится на другом домене получить содержимое невозможно.
Но во многих дополнения производится инспекция всех элементов отображаемых на странице - как они обходят это ограничение?

На расширения эти ограничения не распространяются. Они по умолчанию имеют доступ ко всему. Ничего обходить не надо.