При попытке загрузки файлов в формате мп3 их попросту не видет обозреватель, разумеется загрузка флешевая.
По сути если ввести имя файла вручную загрузка идет на ура, но факт остается фактом не видно файлов для просмотра и выбора нескольких. Как быть?

Во-первых, в любом случае (даже если это и не решает описанной проблемы) настоятельно рекомендуется избавиться от дряни, а во-вторых, хорошо бы получить ссылку-пример проблемного сайта.