Как можно аккуратно  удалить копии закладок?
У меня весь список закладок "закольцован", то есть 2 раза одно и тоже, но я уже добавлял новые, как бы их не снести
Каким дополнением можно, не нащёл на аддонах ничего подобного.
Как хотя бы вручную сравнением файлов это сделать?

Вообще-то на эту тему есть расширение Bookmark Duplicate Detector, но актуальная версия (1.1.1) еще недошлифована, хотя доступна для установки отсюда. Единственно, автор призывает не пользоваться опцией "Delete All", если Вы не до конца понимаете ее смысл. Попробуйте. А для безопасности зайдите в профиль браузера и сохраните копию файла places.sqlite - в случае чего с ним можно закладки восстановить.

http://forum.mozilla-russia.org/viewtopic.php?id=8893