На сервере имеется туча директорий, и новые письма приходят не только в Inbox, но и в них благодаря фильтрам.
T. обновляет информацию только для Inbox, а чтобы узнать об остальных директориях, надо зайти в окно программы и выделить эту директорию. У меня отключено оффлайн использование, так как писем гигабайты и места на винте под этот хлам жалко. Использую под Linux.

тоже очень интересует этот вопрос.

Вот в этой теме посмотрите, я подробно написал. Если кратко, то расширение Mailbox Alert вам в помощь.