Добрый день.
Может ли Thunderbird помечать сообщения каким-либо образом, если в тексте письма есть определенная строка?
Ну например есть там строчка "сообщение следует отметить", так Thunderbird отмечает его звездочкой, или красным, в общем как-то.

Да, может. Создается фильтр, в качестве критерия отбора - требуемая строчка в теле письма; действия - либо добавить "звезду", либо поставить метку (выбор из имеющихся, можно создать свою).

спасибо )

Причем лучше метку, создать свою, и запоминаемо раскрасить.
Потом можно создать виртуальную папку (папку поиска) с сообщениями с этой меткой.