При создании почтового ящика был указан IMAP сервер. При скачивании почты письма с сервера не удаляются.
Как настроить автоматическое удаление скачанных писем с IMAP сервера (если это возможно) ?
Либо как можно исправить настройки на pop таким образом чтобы уже скачанная почта не пострадала?

Стереть учётку IMAP, создать POP3. Скачанные письма обитают в локальных папках и никуда не денутся.