В настройках FF 3.6 указано, что всплывающие окна блокировать. Однако некоторые сайты умудряются открывать новое окно FF (как бы новую сессию браузера) и еще изменяют по своему усмотрению размер окна.

Как я понял, встроенный защиты от этого нет. Можно установить плагин No script, но по некоторым причинам не хочется его ставить.

Как вы решаете эту задачу?

Попробуйте AdBLock Plus. Защитит он конечно далеко не от всего, но если в появлении новых окон и ресайзе виновата реклама, то он вполне может вам помочь. Ещё можете поставить YesScript - это навроде NoScript, но в отличии от него все скрипты изначально разрешены, и можно будет отключить "вредные" в случае надобности.

Для начала можно снять флаг «Перемещать окна или изменять их размеры» в дополнительных параметрах JavaScript. Если поможет не до конца, поискать на AMO по слову "popup". Если всё равно где-то будет всплывать, не ходить туда .