Хочу чтобы новые сообщения на которые я навожу мышкой не помечались как прочитанные, а только вручную. Есть ли такая возможность?

Сейчас настроено вот так:
Инструменты -> Настройки -> Дополнительно -> Основные - снята галочка "Ждать __ сек. перед пометкой сообщения как прочитанного".

Если поставить данную галочку, то сообщение пометиться как прочитаноне через заданнй интервал времени, что тоже не нужно.

Нужно только вручную или при открытии сообщения.

Это исправлено в Thunderbird 3.0a2

а где можно скачать этот дистрибутив? или когда релиз должен появиться?

Thunderbird 3.0a2 - это промежуточная версия, их выпускают для тестирования новых возможностей программы и тестирования исправлений. Такие версии не для обычных пользователей, ибо, как правило, не стабильны.

Но если очень хочется, то ftp.mozilla.org

И ...., на всякий случай, перед использованием Thunderbird 3.0a2 сделайте копию Вашего профиля. Не пожалеете.