Thunderbird 2 отправляет уведомления о прочтении только в utf8?
Установка кодировки для исходящих писем в koi8-r на них не влияет.
Подскажите, есть ли решение.

Да, только в utf-8. Это прописано в исходниках

Имхо, тут проблема глобальная. Нужно не в TB исправлять, а всем поголовно на utf-8 переходить.
Да бы всяких кракозябров небыло