При отправке вложенного в письмо файла в формате зип он приходит адресату уже не вложенным, а в теле письма или в формате .dat
Как с этим бороться?

Воспользоваться поиском по форуму. Такое точно обсуждалось.

Обсуждалась, но не совсем та. В той шла речь о текстовом файле, у меня файл в зипе.
Но все равно спасибо, поискал, что-то нашел, решил убрать галочку в мен Вид - показывать вложение в теле письма.
Посмотрим, как оно теперь будет.

я бы добавил в Mimetypes.rdf следующее

<RDF:Seq RDF:about="urn:mimetypes:root">
    <RDF:li RDF:resource="urn:mimetype:application/zip"/>
  </RDF:Seq>

  <RDF:Description RDF:about="urn:mimetype:externalApplication:application/zip"
                   NC:path="/usr/local/bin/7zFM.sh" -меняем на вашу прогу открытия
                   NC:prettyName="7-zip" />
  <RDF:Description RDF:about="urn:mimetypes">
    <NC:MIME-types RDF:resource="urn:mimetypes:root"/>
  </RDF:Description>

  <RDF:Description RDF:about="urn:mimetype:application/zip"
                   NC:value="application/zip"
                   NC:editable="true"
                   NC:description="zip arhiv">
                <NC:fileExtensions>zip</NC:fileExtensions>
    <NC:handlerProp RDF:resource="urn:mimetype:handler:application/zip"/>
  </RDF:Description>

  <RDF:Description RDF:about="urn:mimetype:handler:application/zip"
                   NC:alwaysAsk="false"
                   NC:saveToDisk="false"
        NC:handleInternal="false"
                   NC:useSystemDefault="false">
    <NC:externalApplication RDF:resource="urn:mimetype:externalApplication:application/zip"/>
  </RDF:Description>

подробнее о вложениях в Thunderbird смотри тут внизу