В папке General создаю папки, которые потом хочу удалить. Они удаляются (появляются в Trash, откуда их убираю командой "очистить"). Но вот незадача - после перезагрузки эти папки появляются снова! В чем проблема?
Ситуация одинакова как для версии 1.5, так и для версии 2.0.

Сжать папку пробовали?

Пробовал, не помогает.

По-моему это происходит тогда, когда кто-то ссылается на эту папку, например, фильтры, или эта папка используется в настройках Account'а в Copies & Folders.

Фильтры девственно чисты, в любых иных настройках эти папки не упоминаются.
Где вообще прописывается информация об этих папках? Можно ли её редактировать "вручную"?

Тогда посмотри, где находятся файлы твоего account'а, параметр Local directory в его свойствах или по умолчанию они создаются в %UserProfile%\Application Data\Thunderbird\Profiles\ и далее. Нет ли там файла с именем как у удаленной директории?

Файла с таким именем нет, но внутри файла panacea.dat имена этих папок есть, однако их удаление из этого файла ничего не дает. Думаю, что действительно дело в том, что кто-то ссылается на эти папки и поэтому они возрождаются как из пепла (без содержимого, естественно). Только глубоко лезть в то, как оно в мейлере работает, не хочется - меня он интересует как пользователя.
Честно говоря, надеялся что в новой версии этого глюка не будет, но, похоже, у меня очень экзотические требования к мейлеру.
Наверное, попробую еще написать на "англоговорящую" на службу поддержки - у них количество пользователей намного больше, может кто-то уже сталкивался с такой проблемой.

Попробуй закрыть Thinderbird и просто удалить этот файл. Имхо он некритичен:

Пробовал, не помогает. Кстати, после запуска мейлера он появляется снова с тем же содержимым. Вообще непонятно, зачем этот файл постоянно лежит на HDD, если его удаление ничего не меняет (может, что и меняет, но я этого не заметил).