При удалении RSS-каналов и добавлении их снова возникает ошибка "Вы уже подписаны на этот RSS-канал". Канал снова не добавляется.

Можно попробовать удалить соответствующий msf для каталога, в котором раньше хранились записи или совет еще хуже ;) - попытаться подчистить feeds.rdf/feeditems.rdf вручную.
Найти все это можно примерно тут: "%APPDATA%\Thunderbird\Profiles\*\Mail\News & Blogs\"

Да, помогло. Только я просто прибил этот файл. Он видимо генерится под список RSS. Так что если их нет — он, получается, и не нужен) :)