В реестре в папке HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\firefox.exe\shell\open должна быть одна папка command.
Примерно так:

[code]Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\firefox.exe]

[HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\firefox.exe\shell]

[HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\firefox.exe\shell\open]

[HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\firefox.exe\shell\open\command]
@="\"C:\\Program Files\\Mozilla Firefox\\firefox.exe\" \"%1\""

Если есть ещё одна (ddeexec), то будут открываться два окна.
Так открываются два окна:

Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\firefox.exe]

[HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\firefox.exe\shell]
@="open"

[HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\firefox.exe\shell\open]

[HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\firefox.exe\shell\open\command]
@="\"C:\\Program Files\\Mozilla Firefox\\firefox.exe\" -requestPending -osint -url \"%1\""

[HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\firefox.exe\shell\open\ddeexec]
@="\"%1\",,0,0,,,,"
"NoActivateHandler"=""