Благодарю!
Но проблема решилась совершенно чудесным образом!
Я снова подключила дополнения и в том числе "Свернуть в трей". По-прежнему стартовало две копии, но я удалила свернутую в трей одну копию. Осталась одна. И с этого момента стала стартовать только одна копия программы.
А если я закрывала не свернутую программу, то закрывались обе. Странное поведение!
Надеюсь, что вопрос снялся совсем.

Несколько дней назад стали открываться две копии программы. Постоянно появляется сообщение - Содержимое папок обрабатывается, подождите.
Отключила все дополнения– по-прежнему.
Стартовала в безопасном режиме – то же.
Какие еще действия можно сделать?