Понятно, спасибо за подробное объяснение. Мне кажется, оверрайд цвета фона должен происходить на уровне, лежащем ниже CSS, именно по этой самой причине. При пользовательском цвете фона ещё и плавающие div'ы становятся прозрачными и теряют кнопки закрытия. Фактически функция замены цветов сайта становится бесполезной, её в такой реализации можно вообще из браузера исключить. Но лучше бы довести до ума.

Мне некомфортно смотреть на белый фон, я предпочитаю серый.