У вас случайно дополнение Attachment Extractor не установлено ? Есть подозрение на него.

У меня тот же кошмар творится, одно письмо приходит, все нормально. Как только приходит несколько писем сразу (закачиваются сообщения с сервера) фильтры срабатывают через раз. А то и вообще не срабатывают .
Также не срабатывает пункт Инструменты->Применить фильтры к папке
Хотя фильтры настроены ПРАВИЛЬНО , 3 раза проверял.

в консоли ошибок

Ошибка: mainToolbar.currentSet is undefined
Источник: chrome://attachmentextractor/content/attachmentextractor.js
Строка: 616

Предупреждение: Ошибка при анализе значения «width».  Потерянное объявление.
Источник: chrome://attachmentextractor/content/settings/prefwin.xul
Строка: 0

в общем не понятно в чем причина.
А без экстрактора невозможно работать