Испытываю аналогичную проблему. Win XP, TB 3.1.1.
При попытке переслать письмо (нормально читабельное), пришедшее в кодировке ISO-8859-1, исходный текст превращается в каракули.
Настройки: кодировка для входящих - win-1251, кодировка для исходящих - utf-8. Галочка "Использовать кодировку по умолчанию в ответах" на эту проблему не влияет. Галочка "Автоопределение кодировки" - "Русская" тоже не влияет.
Пересылка писем в KOI8-R, win-1251 происходит корректно, с сохранением исходного текста. Использовать KOI8-R, ISO-8859-1 для входящих сообщений тоже пробовал - не помогает.