Раньше я тоже этим занимался: вычищал записи от старого софта, наводил порядок в CLSID, выявлял отсутствующие файлы, всякие "осиротевшие" записи и т.д. Но со временем понял, что никакой пользы (кроме морального удовлетворения от проделанной "работы") это не приносит. Эффект совершенно нулевой. А если тупо жать на кнопки в автоматическом режиме, то ничего, кроме вреда, совершенно точно не будет. Реестр теперь чищу исключительно по необходимости (сервис, допустим, от удалённой проги остался), а не "для профилактики". Чего и всем желаю.
Дефрагментация, конечно, вещь полезная, но чем тебя моя ссылка не устраивает? smile Никто не знает лучше толка в этом деле, чем SysInternals.

Кстати, только что посчитал, что 96% размера на диске ветки SOFTWARE сосредоточены в HKCR и SOFTWARE\Microsoft. Ни в первое, ни во второе без знаний лучше не соваться, а чистка записей остального софта может принести разве что эстетическое ощущение "чистоты".

Больше ни кто не подскажет как устранить проблему?или у всех она есть и вы забиваете...

http://foobar2000.org/, http://koti.welho.com/hylinen/apollo/ и никаких проблем, остальное дело привычки :л)