В общем победил.
Проблема в файле mimeTypes.rdf в нем есть строчка
<RDF:Description RDF:about="urn:mimetype:text/x-moz-deleted"
                   NC:fileExtensions="zip"
                   NC:description="WinRAR ZIP archive"
                   NC:value="text/x-moz-deleted"
                   NC:editable="true">
    <NC:handlerProp RDF:resource="urn:mimetype:handler:text/x-moz-deleted"/>
</RDF:Description>
Как она там оказалась и как поправить штатными средствами не знаю.
Поступил просто: удалил все узлы с упоминанием о text/x-moz-deleted
Заработало как надо.

Thundebird версия 2.0.0.6 (20070728)
Прикрепляю файл с расширением zip, отсылаю его
на другой стороне Thundebird той же версии показывает вложение в виде текста,
смотрю у себя в отправленных в исходном тексте Content-Type: text/x-moz-deleted;
переименовываю тот же файл в rar, отсылаю, на другой стороне показывает в виде вложения, смотрю в отправленных
Content-Type: application/octet-stream;

Что интересно на другой стороне проблем с zip нету присылает файлы с нормальным аттачментом, в исходном тексте
Content-Type: application/octet-stream;

Ка победить непонятно